蕭友梅對中國現代音樂教育的發展做出過重大貢獻。他是中國現代音樂史上著名的音樂教育家之一，也是中國現代音樂師范專業教育和音樂藝術專業教育的創始人。他曾編著出版了《新學制歌唱教科書》、《新學制樂理教科書》、《新學制風琴教科書》、《新學制鋼琴教科書》等教材。  
   蕭友梅在音樂教育上主張向西方學習，講求學習與創新，積極提倡創作新歌新曲，通過音樂教育把中國建成一個文明優雅的國家，“使音樂教育成為中國社會改造的積極力量”。他提出了“一方面改良學校的音樂功課，一方面檢定音樂師資，鼓勵創作發揚振奮精神的新歌新曲，注意音樂專門教育”，把重視學校音樂教育、重視師資隊伍建設、重視音樂創作和重視音樂專業教育當做中國現代音樂教育發展與建設的核心工作。 
   當時普通學校音樂教育剛剛起步，音樂教育的學科范圍這一問題雖然早在民國初期就被音樂教育家們意識到了，但他們均忙于為爭取穩定的音樂教育地位高聲吶喊，僅把重點放在教育立法與制度建設上，于是這一問題被暫時擱置了。在教育部第三次全國教育會議的提案《改革現行中學音樂課程案》中，蕭友梅從知識體系角度對普通學校音樂教育學科范圍不明確作了批評。他認為，現行音樂課程內容過于復雜，“涉及看譜、練聲、獨唱、分部合唱、器樂、樂理、和聲、曲體學、音樂史、音樂美學等等，幾等于音樂專科之全部課程”，并認為，如果不明確學科范圍，“以如此有限之時間，教學上述浩繁之課程，事實上絕對不能辦到”。經過數年的努力，普通音樂教育學科范圍被基本確定，音樂教學也基本上局限于音樂基本知識、音樂基本技能與音樂欣賞這三部分內容。 
   20世紀30年代，蕭友梅提出的一系列思想，都緊緊抓住了當時普通學校音樂教育體系的主要特征，充分體現了當時中國社會現狀對學校音樂教育提出的要求，曾在抗日戰爭時期的音樂教育界產生很大影響。比如，他注意從美育理想看普通學校音樂教育的功能。音樂教育是什么，始終是當時音樂教育研究的中心問題。蕭友梅根據自己的實踐與認識，指出：“根據美育原則，利用音樂之感化力量，以美化學校生活，陶冶學生德行，并規定以此為音樂功課之第一目標，而以學習音樂技能為第二目標，以利用歌唱激勵抗戰熱情為附帶目標。”此論點一出即成為當時最為著名的音樂教育經典論斷，今天看來仍然閃耀著真知灼見，蘊含著音樂教育的藝術規律。 
   蕭友梅在上海音專的教學也不遺余力，對音專的發展真可謂傾其所能，利用一切資源招納英才。由于蕭友梅的努力，國立音專在短短的幾年間聚集了一批高水平的音樂師資和其他各科教師，形成了在當時中國甚至整個遠東地區來說最強的專業音樂教學力量。1929年10月，黃自從美國學成歸國，蕭友梅即邀黃自來音專兼課，翌年聘黃自為音專理論作曲組專任教員（相當于教授），并擔任教務主任。黃自成為了蕭友梅最為得力的辦學合作者，把音專的整體教學水平，提升到了一個更高的層次。當時在上海的外籍音樂家，以及來滬演出逗留的外籍音樂家，只要是音專教學所需而又具有真才實學的，也由蕭友梅千方百計地聘來任教。1929年，原俄羅斯圣彼得堡音樂院鋼琴教授查哈洛夫與他的夫人舉辦環游世界的音樂會，到了上海之后，蕭友梅得知這一消息，立即上門聯系。可是查哈洛夫卻推說中國學生根基薄弱，不愿就任。蕭友梅“三顧茅廬”式地再三誠懇求聘，并允諾以高于他校長的薪金，聘其為音專鋼琴組主任。 
   蕭友梅不單關注學校教學大局，對學生也十分關心，事無巨細，鞠躬盡瘁。我國著名男高音歌唱家婁乾貴曾在一次電視采訪中說：當年他畢業演唱可以演唱到High C,坐在下面的蕭友梅先生為之落淚，因為經過師生共同努力與奮斗，中國的專業音樂教育終于培養出了自己的男高音歌唱家。由此小事，可以看到蕭友梅對自己的學生是多么關注與了解。